El templo está situado en el centro de la población, concretamente en la plaza del Hórreo. Consta de una nave de tres tramos, presbiterio y cabecera ochavada de tres paños. Al final de la cabecera se encuentra la sacristía, que se prolonga hacia el sur. La torre está formada por dos cuerpos de sillería. Respecto a las portadas, existen tres: una de medio punto a los pies de la cabecera, otra formada por seis arquivoltas apuntadas y una tercera, cegada.

La construcción data de los siglos XV y XVI, aunque la sacristía nueva y la torre son posteriores. En los trabajos de construcción intervinieron numerosos canteros, aunque solo se conocen los nombres de tres de ellos: el Maestre Fernando, director de las obras en 1537; Juan de Huequel y Juan de Elgorriaga, que trabajaron en la iglesia hacia el año 1573. Del interior, cabe destacar la pila bautismal del siglo XII, único vestigio del primitivo monasterio y el Retablo Mayor, dedicado a los Santos Juanes.

Se trata de una obra de gran riqueza ornamental, realizada entre 1545 y 1556, y formada por motivos platerescos y excelentes relieves en los que se tallaron figuras llenas de movimiento. Entre los artistas que intervinieron en la construcción del magnífico retablo figuran Natura Borgoñón como artífice de la arquitectura del banco, Bernal Forment y Juan de Beaugrant como escultores, y Francisco de Lubiano en la policromía.

En la actualidad se puede contemplar la obra en todo su esplendor, gracias a la restauración que se llevó a cabo en el 1993. También es destacada la sillería de dieciocho asientos situada en el coro alto, obra clasicista del siglo XVII.

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