La Iglesia de Santo Tomás se sitúa a los pies del cerro de La Mota (también llamado “La Atalaya”), núcleo primitivo de Haro, construida bajo la protección de los Condestables de Castilla. Fue levantada sobre un edificio anterior, del que se conserva la portada principal, de estilo plateresco, obra de Felipe Bigarny, considerado uno de los más insignes escultores del renacimiento español, autor entre otras de la capilla de los condestables de la catedral de Burgos.

Inició su construcción Juan de Rasines, continuando Pedro de Rasines y su hijo Rodrigo, finalizándose en el primer tercio del siglo XVII por Pedro de Origoitia y Andrés de Venea. Las obras del buque y torre duraron más de doscientos años (1512 – 1725).

El 3 de junio de 1931, el gobierno provisional de la segunda República la declaró Monumento Nacional (Declaración: 3-6-1931. Gaceta de Madrid de 4-6-1931).

Destaca su torre, cuya estructura servirá de modelo para otras construidas en la zona, como la de la Concatedral de Santa María de la Redonda de Logroño en 1742; la de la iglesia de Nuestra Señora de la Asunción de Briones en 1750; o la de la Catedral de Santo Domingo de la Calzada en 1765.

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